国内外校友一直有资助困难学生的优良传统，爱心助学金是其中最具代表性的项目。本项目募捐目标为人民币40万元，期限为1年，资金全部用于发放爱心助学金。

2019年11月，教育基金会联合学生工作处发起“学生大病救助基金”，用于救助突发严重疾病的科大学生。本项目募捐目标为人民币20万元，期限为6个月，资金用于支持该项目长期稳定运作。